Повністю автоматична центрифуга в основному складається з обертового барабана, системи приводу, системи керування та корпусу. Обертовий барабан є основним компонентом, який зазвичай виготовляється з нержавіючої сталі або інших корозійно-стійких матеріалів і використовується для завантаження зразків, які потрібно розділити. Система приводу забезпечує потужність, змушуючи барабан обертатися з високою швидкістю, створюючи відцентрову силу. Система управління відповідає за налаштування таких параметрів, як швидкість обертання, час і температура, щоб забезпечити стабільний і надійний процес сепарації.
Під час роботи зразок поміщається в обертовий барабан. Після запуску машини барабан обертається з високою швидкістю. Відцентрова сила змушує більш щільні компоненти рухатися назовні та осідати на дні або бічних стінках барабана, тоді як легші компоненти рухаються ближче до центру. Після відділення машина автоматично зупиняється, і оператор може видалити відокремлені зразки.